新平台可绘制亚细胞精度的组织3D图

德国马克斯·德尔布吕克中心尼古拉斯·拉杰斯基实验室团队开发出一种名为Open-ST的空间转录平台，能以三维（3D）方式重建患者组织细胞内的基因表达，并以亚细胞精度绘制出组织样本的分子图谱。相关论文发表在新一期《细胞》杂志上。 转录组学是研究细胞或细胞群中基因表达的学科，通常不包括空间信息，而空间转录组学则能测量组织样本中RNA在空间中的表达。Open-ST平台提供了一种经济高效、高分辨率、易于使用的方法，既可以拍摄样本的组织形态，也能拍摄组织切片的空间转录组学信息。该平台可以利用一系列2D图像，将其重建为3D“虚拟立体组织”。 在实验中，研究人员利用来自头颈癌患者健康和转移淋巴结的样本，成功识别出免疫、间质和肿瘤细胞群的多样性特征。这些细胞群是围绕原发肿瘤内的通讯热点组织起来的，但这种组织在转移瘤中被破坏了。 Open-ST平台根据癌症组织样本绘制的图像，突出显示了3D肿瘤或淋巴结边界处的潜在生物标记，这些标记可能成为新的药物靶